This shining city built of gold, a far cry from innocence. There's more than meets the eye round here look to the waters of the deep.

Gotham City est à feu et à sang, la criminalité n'a jamais atteint un plafond aussi haut et la police, menée par le Commandant Jim Gordon, est dépassée par les évènements même si Le Joker est détenu à Arkham. Alors que les citoyens s'apprêtent à enterrer celui qui est érigé en héros, le procureur Harvey Dent, personne ne connait la nouvelle personnalité du défunt, ni les réelles circonstances de sa mort. Batman et Gordon l'ont en effet sauvé et enfermé à l'Asile d'Arkham dans le plus grand secret. La ville a besoin d'un héros, la ville a besoin de ce que Batman ne peut pas être, une figure publique. Personne ne doit connaitre l'existence de Double-Face et ils préfèrent que Batman soit vu comme le traître responsable de la mort du réel héros de la ville. Ce dernier a donc disparu de la circulation.

Mais si les citoyens sont en deuil, c'est ce climat de peur et de chaos dont profitent les mafieux et les bandits de Gotham pour essayer de gagner le contrôle de la ville. Pendant ce temps là, à l'asile d'Arkham la jolie psychiatre Harleen Quinzel qui est chargée de s'occuper du Joker en l'attente de son procès commence à ne plus le voir que comme un simple patient. Le Joker a un plan bien à lui, s'évader d'ici et mener les "mauvais de l'histoire" à prendre la ville et toutes ces institutions par la force. Et c'est lorsque sa nouvelle complice lui révèle qu'Arkham a un patient des plus intéressants qu'il fomente une évasion massive pour faire diversion et agrandir ses rangs en dehors de ces murs. Il découvre avec un plaisir non dissimulé un Harvey Dent ruminant sa vengeance contre le Batman qu'il considère responsable de la mort de sa fiancée, Rachel Dawes. Il tient son plus beau chef d’œuvre.

Bruce Wayne, lui, se perd dans la culpabilité et redevient ce fils de bonne famille arrogant et détestable qu'il fut une fois. Rongé lui aussi par la mort de Rachel, il se complait dans le luxe et le faste et ne se préoccupe de personne d'autre. La ville n'a plus besoin de Batman et donc plus besoin de lui.

A présent que le Joker transmet des messages à l'extérieur, aux citoyens qui pleurent leur héros tombé, qui blâment la chauve souris responsable de sa mort, le doute est semé, qui est ce nouvel allié dont parle le Joker, quelle sera son implication dans le futur. Qu'adviendra-t'il au procès du Joker qui est prévu pour très bientôt. Il réclame une  nouvelle fois l'identité du Batman. Est ce que ça suffira pour faire renaître la Chauve-Souris de ses centres ou est elle définitivement perdue ? Est ce que Gotham vit ses dernières heures de liberté ? Et qui est cette "Batgirl" que l'on voit parfois, d'où vient elle, quel est son but ? Venez le découvrir

Gotham City est une nouvelle fois mise au supplice, et c'est normal après l'évasion spectaculaire du Joker pendant son propre procès. Aidé par les psychiatres Jonathan Crane et Harleen Quinzel, ce dernier peut de nouveau parcourir les rues de Gotham avec plaisir et surtout liberté. Quel sera son prochain geste? Rien n'est plus incertain. La police est en émoi et fortement mobilisée pour essayer de retrouver les trois criminels. Et d'autres se profilent peut être ... on raconte qu'un certain Bane ... serait en ville. Pourquoi, comment, grâce à qui ... qui sait réellement. Encore du travail pour Batgirl et toutes les personnes voulant garder Gotham du bon côté ...